A história da faculdade de odontologia da Universidade de São Paulo relaciona-se com o surgimento da odontologia no estado de SP e contribui em grande parcela com a história da odontologia no Brasil.
Em 11 de fevereiro de 1899 foi inaugurada a Escola Livre de Pharmácia situada à Rua Brigadeiro Tobias n°1, tendo Braulio Gomes como diretor.
Como ainda não existiam no país cursos especiais de odontologia propriamente ditos, poderiam exercer livremente a profissão os dentistas não diplomados que prestassem exames de habilitação perante uma comissão de profissionais diplomados, nomeado pelo diretor, conforme defendia o artigo 4°da lei n°665 de 06 de setembro de 1899.
Em 07 de dezembro de 1900 os professores Macedo Soares e Luiz Pinto de Queiroz propõem a criação de uma cadeira de Prótese Dentária que foi aceita pela Congregação e que em conjunto com as outras cadeiras da Escola estabeleceu, então, o curso de Arte Dentária. Como funcionava também o curso obstetrícia a instituição passou a denominar-se “Escola de Pharmácia, Odontologia e Obstetrícia de São Paulo”.
Em 1905 acontecem 2 fatos importantes:

• 1° o decreto 1371 onde a União passa a reconhecer os diplomas emitidos pela Escola e, portanto, seus formandos podiam exercer suas funções em todo o território nacional.
• Em 12 de outubro de 1905 a Escola instala-se no novo edifício, situado à Rua Três Rios.

Entre 1920-1932 a Escola se via em meio a um palco de irregularidades que iam desde legislação inadequada, complacência do poder executivo até uma imprudente comercialização dessa área de ensino provavelmente originária pela multiplicação das escolas de Farmácia e Odontologia pelo Estado.
Em 1923 a Escola perdeu a equiparação federal, 4 anos depois seu funcionamento era suficientemente irregular até que em 1931 é decretada a extinção de todas as escolas estaduais, inclusive a primeira Escola de Farmácia e Odontologia fundada.
Até que em 1932 o governo do Estado confia a Benedito Montenegro a tarefa de reformá-la moral e materialmente com novos professores, novo pessoal administrativo e novas instalações.
Em 1933 com o nome de Faculdade de Farmácia e Odontologia já contava com a equiparação federal e, pelo decreto 6231 de 19 de dezembro de 1933 o Estado assume a administração da faculdade.

Em 25 de janeiro de 1934 o governador do estado, Armando Salles de Oliveira expediu o decreto de criação da USP e a faculdade foi a ela incorporada com o nome de Faculdade de Farmácia e Odontologia da Universidade de São Paulo que teve como seu 1° diretor a próprio prof° Benedito Montenegro. Ainda em 1934 foram introduzidas as cadeiras de Eletroterapia e Radiologia Aplicadas e a de Cirurgia da Boca, bem como o ensino da odontopediatria anexo à cadeira de ortodontia que se constituíram em verdadeiras inovações no ensino odontológico no Brasil.

Em 28 de novembro de 1935 foi fundado o Centro Acadêmico XXV de janeiro da Faculdade de Farmácia e Odonto da USP. Após sua atuação decisiva para a própria existência da faculdade, o diretor Benedito Montenegro solicita sua exoneração por ter sido eleito para a Assembléia Legislativo do Estado. Em seu lugar é nomeado o prof° Raul Vargas Cavalheiro que dirige até 1937 sendo o responsável por inaugurar novos laboratórios e clínicas além de regularizar as atividades escolares sob regime universitário.

 Em 1937, Benedito Montenegro é novamente nomeado para a direção, mas permanece no cargo só até 01/01/1938, quando o vice, Linneu Prestes o substitui.
Em 1940 Linneu Prestes assume a direção até junho de 1941 de dentre os feitos da sua gestão está a reorganização da biblioteca e instalação de laboratórios tecnológicos da cadeira de química industrial farmacêutica e da clínica odontopediátrica, inédito no País. Iniciaram-se os serviços dentários de assistência social, publicou-se o 1° n° dos “Anais” da Faculdade e iniciou-se a contratação de especialistas estrangeiros.
Com todos estes avanços apoiados pelo governo estadual, em 1941 a faculdade foi elevada ao título de melhor estabelecimento de ensino farmacêutico e odontológico do Brasil.
Em 1941 o Prof° Linneu Prestes solicita exoneração e o prof° Américo Mariel de Castro assume o cargo, permanecendo por 5 anos. Ele inaugurou o pavilhão de anatomia e de prótese e continuou a contratar professores estrangeiros. Durante sua gestão foram editados mais de 3 volumes dos “Anais” contendo os trabalhos de pesquisa realizadas no laboratórios da Faculdade.
O prof° João Sampaio Dória foi diretor desde março de 1946 até novembro do mesmo ano e foi sucedido por Cyro Silva que dirigiu até junho de 1948. Ambos deram continuidade aos trabalhos e atividades mantidas pela faculdade.
Em 1948 o prof° Paulo de Toledo Artigas é nomeado diretor e exerce duplo mandato até 1954. Sendo o responsável pela construção de pavilhões destinados à farmacologia experimental e ao laboratório clínico e ainda modernizou e enriqueceu a biblioteca, tornando-a uma das mais completas na área químico-farmacêutica e odontológica. Foi ainda o responsável por instituir os cursos noturnos de odontologia e farmácia.
Ele contratou o prof° Arthur Gobel reconhecidamente uma das grandes autoridades nos EUA para reger a cadeira de Técnica Odontológico. Seu sucessor foi o professor Aristóteles Orsini do curso de farmácia.
De 1957 a 1960 volta à direção o prof° João Sampaio Doria e, em seguida, por eleição, assume o prof° Antonio Adamastor Corrêa, que permanece por 12 anos (1960-1972).
É durante sua gestão que, a 7 de julho de 1962 se dá a separação dos cursos de Farmácia e Odontologia, constituindo-se 2 escolas distintas: Faculdade de Farmácia e Bioquímica, que mais tarde passa a denominar-se Instituto de Ciências Farmacêuticas da USP e a Faculdade de Odontologia da USP, pelo decreto 40346.
O prof° Antonio Adamastor Correa do curso de odontologia permaneceu na direção da FOUSP e desenvolveu um novo ritmo de ensino e de pesquisa. Novas instalações são construídas: um prédio no qual se instalavam a Anatomia, a Radiologia e a Prótese, um 2° prédio onde se localizaram a Histologia, a Fisiologia, a Farmacologia e a Odontologia Legal. Foi instalada uma nova clínica com 25 equipos. Além do prédio principal que foi ampliado. Os galpões construídos para abrigar as disciplinas do 1° e 2° anos na Av. Luciano Gualberto abriram espaço para a evolução da pesquisa e respectiva compra de equipamentos.
Os “Anais” da então Faculdade de Farmácia e Odontologia são substituídos pela Revista da Faculdade de Odonto da USP, de elevado padrão técnico cientifico e varias outras obras foram editadas contribuindo para a infra-estrutura necessário ao pleno desenvolvimento do ensino e da pesquisa na Faculdade. Em 10 de janeiro de 1930 Archibaldo Jordão, defendendo, na escola de Farmácia e Odontologia a tese Osteo-Myelite Mandibular, tornou-se o 1° doutro em Odontologia no Brasil. Mas quando a faculdade passou a fazer parte da USP, em 1934, foi suprimido o doutoramento da carreira universitária. Com a reforma e a separação das duas faculdades em 1962, este título retornou e Mendel Abramovicz, em 1963, tornou-se o 1° doutor pela FOUSP, com a tese “Contribuição para o estudo da cronologia da erupção dos dentes permanentes em judeus do grupo étnico askenazim de níveis sócio-econômicos elevados – sua explicação na estimativa da idade”.
A mudança de parte da faculdade para a Cidade Universitária induziu à obtenção do terreno e início da construção do prédio onde hoje está instalada a FOUSP na Av. Lineu Prestes, 2227.
Era diretor o prof° Dioracy Fonterrada Vieira quando, em 1982 ocorreu a transferência da FOUSP para a Cidade Universitária. Essa mudança ocorreu em condições precárias e deu-se aos poucos, pois a construção do prédio foi realizada em diferentes etapas.
O atendimento a pacientes desde 1982 foi realizado em clínicas instaladas no porão do “Hospital Universitário”.  Todos os diretores da FOUSP após esse período, empenharam-se em concluir cada etapa do prédio, introduzindo cada um deles melhorias importantes para faculdade.
Foram eles os professores: Miaki Issao (1985-1988), Mendel Abramovicz (1989-1992) e Edmir Matson (1993-1996) que impulsionou à informatização, disponibilizando meios para que docentes, alunos e funcionários tivessem aceno aos avanços da tecnologia e se adequassem à nova realidade. Em seguida, assumiu o prof° José Fortunato Ferreira Santos (1997-2000) que continuou a buscar alternativas para a conclusão da Clinica Odontologica. Neste mesmo ano a Faculdade de Odontologia da USP completa 100 anos. Em 2001 assume novamente o prof° Edmir Matson por mais 3 anos. Em 2004 assume o prof° Ney Soares de Araujo que permanece até 2005.
Em 2006, o Prof° Carlos de Paula Eduardo assume a diretoria da faculdade e, com grande esforço e dedicação, faz inúmeras melhorias nos prédios da FOUSP, modernizando as instalações, trazendo tecnologia na construção de novos laboratórios multidisciplinares, otimizando o espaço de toda a área pertencente ao complexo da FOUSP, criando o laboratório de biologia oral e formando um ambiente jovial e moderno nas salas de aulas e ambientes comuns, expressando grande criatividade e bom gosto.
Sua principal conquista foi, em 11 de julho de 2006, a inauguração da nova clínica um dia histórica para a FOUSP em eu se viu realizado um sonho de aproximadamente 20 anos. A clínica composta de 205 consultórios realiza hoje 138 mil atendimentos por ano.
Em comemoração aos 110 anos da faculdade foi lançado o livro: “Simplesmente Outra” que segundo o Prof° Carlos de Paula Eduardo “é fruto da união entre professores, alunos e funcionários que, juntos, fizeram com que a FOUSP pudesse resgatar a sua história”.
Os avanços da FOUSP contribuíram para aumentar a participação da USP na busca constante de melhoria nos seus serviços de saúde e conforme disse a então Reitora Suely Vilela, “Cumpre dessa forma, os pressupostos de uma instituição pública de ensino e pesquisa, na qual as atividades de extensão beneficiam a sociedade”.
Entre 2009 até 2013, o Diretor, Prof. Dr.  Rodney Garcia Rocha continuou a formar professores competentes e profissionais de destaque e seu nome cresce como centro de excelência em pesquisa e ensino reconhecida em âmbito nacional e internacional.

Em novembro de 2013 o Prof. Waldyr Antônio Jorge assume a diretoria da faculdade para o período 2013-2017, tendo como vice diretor o Prof. Dr. Giorgio De Micheli. Ao longo dos anos, inúmeros avanços nos setores de saúde e estética bucal, bem como a constante preocupação com a reforma curricular. O curso fortalece a formação voltada para a saúde pública e atenção primária à saúde, integrando a estrutura do conhecimento a uma formação mais humana.

Nós últimos anos, a FOUSP tem se dedicado intensamente para inserção no cenário internacional. Em busca da internacionalização, já foram realizadas parcerias com universidades nos Estados Unidos, Europa, Ásia e América Latina, tanto para pesquisas quanto no intercâmbio de alunos e professores visitantes.

Para o quadriênio 2017-2021, a FOUSP ficou sob a gestão dos docentes Prof. Dr. Rodney Garcia Rocha, como Diretor e Prof. Dr. Giulio Gavini, como Vice-Diretor, período assolado pela pandemia da Covid-19 e todas as ações envolvendo docentes, funcionários e alunos para que a unidade continuasse com suas atividades de maneira remota – realidade inesperada que assombrou o mundo e fez com que a pro-atividade e o saber lidar com situações inesperadas marcassem esse período. Não obstante as dificuldades, o curso de Odontologia continuou  sendo muito bem ranqueado mundialmente.

Assumindo a Diretoria e dando continuidade às ações já em questão está o Prof. Dr. Giulio Gavini, como diretor e o Prof. Dr. Giuseppe Alexandre Romito, como Vice-diretor, que, a partir de 9 de novembro de 2021, administram a FOUSP até 2025.