A Faculdade de Odontologia sempre se preocupou com a continuidade do estudo de seus alunos. Em 1969, após a reforma universitária que instituiu diversas modificações, como por exemplo, a substituição do sistema de cátedras pelo de departamentos, surgiu à possibilidade de começar um novo capítulo na história da unidade: a fundação da Pós Graduação Stricto Sensu em 1970.

A presença de professores como o Prof. Dr. Myaki Issáo e o Prof. Dr. Sebastião Interlandi, viabilizou a implantação dos primeiros programas compatíveis com as novas leis. As áreas de Odontopediatria (1970) e Ortodontia (1972) se tornaram as pioneiras e logo já estavam atuando em nível de mestrado.

Em 1973, o Prof. Dr. Tadachi Tamaki, foi essencial no desenvolvimento do Programa de Clínicas Odontológicas, hoje extinto. Na época, passou a atuar apenas a nível de mestrado, mas em 1979 começou a funcionar também para doutorado.

O programa abrangia as seguintes especialidades nos cursos de mestrado e doutorado:

  • Cirurgia Odontológica e Bucomaxilofacial
  • Dentística Restauradora Plástica
  • Dentística Restaurações Metálicas Fundidas
  • Endodontia
  • Escultura Dental e Oclusão
  • Periodontia
  • Prótese Bucomaxilofacial
  • Prótese Completa
  • Radiologia
  • Semiologia
  • Traumatologia Maxilofacial

E apenas no curso de Doutorado:

  • Dentística Mecânica Aplicada
  • Patologia Bucal
  • Prótese Fixa
  • Prótese Parcial Removível
  • Terapêutica Clínica

Já em 1987, com a evolução da pós-graduação na Faculdade, ocorreu uma grande mudança em seu funcionamento. Uma antiga reivindicação permitiu o desmembramento do Programa de Clínicas Odontológicas nos cursos de mestrado e doutorado, nos programas:

  • (Odontologia) Dentística
  • (Odontologia) Endodontia
  • (Odontologia) Periodontia
  • (Odontologia) Prótese Dentária
  • (Odontologia) Clínica Integrada
  • (Odontologia) Diagnóstico Bucal
  • (Odontologia) Patologia Bucal
  • (Odontologia) Materiais Dentários

Em 1993, houve a criação do Programa de Pós-Graduação em odontologia (Deontologia e Odontologia Legal), pioneiro na área no Brasil. Em 1997, o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofacial) e em 2001 o  Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Prótese Bucomaxilofacial).

Com as novas regras, impostas pela avaliação dos programas de Pós-Graduação no Brasil pela CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) e para que a Faculdade pudesse se tornar excelência na Pós-Graduação, em 2004 o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Odontopediatria) mudou a denominação para Ciências Odontológicas e agrupou os programas que não tinham um número suficiente de docentes para se manterem como programas independentes, criando as áreas de concentração em: Odontopediatria, Endodontia, Periodontia, Clínica Integrada, Odontologia Social e Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofaciais.

Em 2006, o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Prótese Dentária), por não ter atingido nota suficiente na avaliação da CAPES, foi desativado, migrando como área de concentração em Prótese Dentária do Programa de Ciências Odontológicas.

No ano de 2007, o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Ortodontia) também migrou para a PG em Ciências Odontológicas como área e, em 2008, foi a vez do Programa de Odontologia (Prótese Bucomaxilofacial).

No ano de 2009 foi criada a área de Odontologia Legal e em 2014, o Programa de Odontologia (Patologia e Estomatologia Básica e Aplicada), migrou como área de concentração em Patologia Oral e Maxilofacial e Pacientes Especiais.

Em 2015, o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Dentística) criou as áreas de concentração em Laser em Odontologia e Endodontia (que migrou do Programa de Pós-Graduação em Ciências Odontológicas), em 2017 com a migração do Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Biomateriais e Biologia Oral) foram criadas as áreas de concentração em Biomateriais e em Biologia Oral, e o Programa de Pós-Graduação em Odontologia (Dentística), passou a denominar-se Programa de Pós-Graduação em Odontologia, como cinco áreas de concentração.

Em 2018, o programa de PG em Ciências Odontológicas, tendo em vista temas correlatos, fez uma readequação das áreas de concentração, dessa forma, atualmente existem seis áreas:

  1. Cirurgia e Traumatologia Bucomaxilofaciais
  2. Odontologia Forense e Saúde Coletiva
  3. Odontopediatria e Ortodontia
  4. Patologia Oral e Maxilofacial e Pacientes Especiais
  5. Periodontia
  6. Reabilitação em Odontologia

Presidentes da Comissão de Pós-Graduação

Graduou-se em 1938 e foi Livre Docente em 1956. Foi Sócio Fundador da Divisão Brasileira da International Academy of Pathology. Disseminou conhecimento ministrando aulas em diversas instituições de ensino. Professor Emérito em 1989.11/11/1969 até 02/03 1972José Barbosa
Graduou-se em 1951. Em 1960, foi Professor Livre-Docente e, em 1963, assumiu  a Cátedra de Prótese Dental. Em 1965, tornou-se Professor Efetivo. Responsável pela fundação dos cursos de Mestrado e Doutorado em Clínicas Odontológicas que, por serem únicos do gênero no país, atraiu pós-graduandos de todo o Brasil. Foi Vice Diretor em dois períodos: 1981-1984 e 1989-1992. Professor Emérito em 2003.03/03/1972 até 18/06/1985Tadachi Tamaki
Graduou-se em 1951. Iniciou-se na docência em 1957 como professor assistente da cadeira de Ortodontia e Odontopediatria; Livre-Docente em 1968 e Professor Titular em 1974. Um dos pioneiros professores em buscar e vivenciar experiências para a formação acadêmica em outros países. Professor Emérito em 2001.19/06/1985 até 11/04/1989Sebastião Interlandi
Graduou-se em 1962 e obteve seu doutorado em Odontologia Fisiologia em 1969 . Foi professor titular da Universidade Paulista e da FOUSP. Atuou principalmente no tema: glândulas salivares.12/04/1989 até 21/06/1993Nicolau Tortamano
Graduou-se em 1957, Mestrado em Master in Science of Dentistry – Indiana University (1969), Doutorado em 1972, Livre Docência em Patologia Bucal, Professor Associado e Professor Titular . Foi Coordenador da Área da Saúde da FAPESP, Editor Científico da RGO, Revista Gaúcha de Odontologia.Vice Diretor da FOUSP em 1985-1988 e Diretor em 2003-2005. Professor Emérito em 2006. Foi Coordenador da área de Odontologia da CAPES.22/06/1993 até 06/06/1999Ney Soares de Araújo
Graduou-se em 1964 pela Unesp. Fez Mestrado e Doutorado na FORP e foi Professor Titular na FOUSP. Atuou principalmente nos temas: endodontia, odontologia, canais radiculares, medicação intracanal. Dedicou-se ao Núcleo de Teleodontologia.17/09/1999 até 12/02/2006João Humberto Antoniazzi
Professor titular, graduou-se 1974; mestrado em Clinicas Odontológicas (1986) e doutorado (1990).  Especialista em Prótese Buco Maxilofacial e Odontologia do Esporte. Preside o Conselho Fiscal da Associação Paulista de Cirurgiões Dentistas, Associação Brasileira de Prótese Buco Maxilofacial e Ex-Presidente da Associação Brasileira de Ensino Odontológico(SP). Assessor Científico da FAPESP.13/02/2006 até 12/02/2010Reinaldo Brito e Dias
Graduou-se em 1986, Mestrado, em Diagnóstico Bucal em 1989, Doutorado 1994, e Livre Docência em 2000. Realizou o Pós Doutoramento na University of Medicine and Dentistry of New Jersey, USA. Desde 2007 é Professora Titular. Coordena o Centro de Atendimento a Pacientes Especiais desde 2000. Coordena desde 2016 o Programa Alumni USP, junto à Reitoria da Universidade.13/02/2010 até 26/02/2014Marina Helena Cury Gallottini
Graduada em 1980. Mestrado em Diagnóstico Bucal (1989) e Doutorado em Patologia Bucal (1993). Bolsa Sanduíche da Capes (1991-1993) e Pós-Doutorado no National Institutes of Health, NIH (1993-1994) nos EUA. Livre-Docência em 2001 e, em 2011, Professora Titular. Desde 2012 é professora convidada de Pós-Graduação Lasers in Dentistry da RWTH Aachen University na Alemanha e da Universidade UCE de Quito, Equador. Coordenou o primeiro Doutorado Internacional (Dinter) do Brasil aprovado pela Capes.27/02/2014 até 26/02/2016Márcia Martins Marques
Graduou-se em 1981. Mestrado em 1989 e Doutorado em Patologia Bucal em 1991.  É Livre Docente desde 2003. Atua na área de Odontologia, com ênfase em Patologia. Em suas atividades profissionais interagiu com 235 colaboradores em co-autorias de trabalhos científicos.27/02/2016 até 06/03/2016Décio dos Santos Pinto Júnior
Graduou-se em  1983. Mestrado em Clínicas Odontológicas em 1990 e o Doutorado em Odontologia (Materiais Dentários) em 1993. Professor Titular no Departamento de Biomateriais e Biologia Oral. Atua na área de Odontologia ? biomateriais Odontológicos, com ênfase em Biomecânica.07/03/2016 até 27/04/2016Rafael Yägue Ballester
Graduou-se em 1998, Especialização em Odontologia Legal (2001), Especialização em Administração Pública (2005), Especialização em Odontologia do Trabalho (2011). Mestrado em Odontologia (Deontologia e Odontologia Legal) (2001), Doutorado em Odontologia Preventiva e Social (2003) e Livre Docência em Gestão e Planejamento em Odontologia (2008). Tem experiência nas áreas de Saúde Coletiva e Odontologia Forense, com ênfase em Epidemiologia.28/04/2016 até 07/11/2017Edgard Michel Crosato
Graduou-se em 1980, especialização em Patologia Bucal, mestrado em Clinicas Odontológicas (1988), doutorado em Odontologia (Patologia Bucal) (1991). Professor Titular, Coordenador do Laboratório de Patologia Molecular, Editor associado do periódico Clinical and Laboratorial Research in Dentistry.20/12/2017 até 19/12/2021Fábio Daumas Nunes